Durante la administración 1986 - 1990, se estableció el ¨Programa Nacional de Ciencia y Tecnología¨ y se operacionalizaron algunas acciones tendientes a subsanar deficiencias en los aspectos citados en el PDN. Así se crearon, entre otras instituciones y programas, la Fundación Omar Dengo para el desarrollo de la informática educativa, la Feria Científica Nacional, las Olimpiadas de matemática y los Colegios Científicos.
En mayo de 1986, el Ministro de Educación Dr. Francisco Antonio Pacheco, encargó al Dr. Víctor Buján, asesor ministerial, la organización y puesta en marcha de un ¨Sistema Nacional de Colegios Científicos¨, que serían instituciones preuniversitarias por el nivel académico de la enseñanza aprendizaje de las ciencias naturales, la matemática y la informática. El Dr. Buján se basó en la organización y operación de colegios científicos de países como Cuba, Estados Unidos y Corea del Sur.
El Colegio Científico de Cartago inició labores un 12 de abril de 1989 con la firma del Convenio de Cooperación entre el Instituto Tecnológico de Costa Rica y el Ministerio de Educación Póblica Dicho acto se realizó en la sala de Conferencias de la Biblioteca José Figueres Ferrer, en la sede central del ITCR.
El Colegio Científico de Cartago se rigió originalmente por el Reglamento General de los Colegios Científicos, Decreto Ejecutivo N 19059 – MEP, del 10 de mayo de 1989. El fundamento legal se lo confiere la Ley N 7169, Ley de Promoción del Desarrollo Científico y Tecnológico del 1 de agosto de 1990, capítulo III, artíulos 56 a 61, ambos inclusive.
El decreto original es sustituido por el Decreto Ejecutivo N 21731 MICIT – MEP, del 17 de noviembre de 1992, Reglamento al Capítulo III del Título IV de la Ley 7169 de la Creación de los Colegios Científicos y, por el Decreto Ejecutivo N 24961, Normas Básica Reguladoras del Proceso Educativo en los Colegios Científicos.
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